氣相色譜儀的基線是在正常操作下僅有流動相通過檢測器系統產生的響應信號的曲線，基線扭動通常是指基線上下扭擺不停超出標準范圍、無法走直保持穩定。
在日常的操作使用中，當我們發現基線扭動時，該怎么辦？首先，建議檢查電網電源是否有異常波動或突變，特別是在同一電網電源上接有大功率裝置時更要注意；同時，檢查儀器的接地是否正確并且良好；在排除外在可能造成的影響的因素后，如果仍未解決基線扭動的問題，我們可以從以下幾個方面去著手：
一、將火焰熄滅之后基線如果還是扭動：
1.檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗；
2.檢查檢測器的溫度是否正常，必要時檢測器進行老化；
3.檢查是否離子信號線故障、放大板故障、輸出信號線故障、色譜工作站故障。
二、將火焰熄滅之后基線停止扭動，降低色譜柱箱的溫度扭動幅度卻不變小：
1.檢查使用的空氣是否有污染現象，注意更換氣體過濾器的過濾劑，及對空氣壓縮機進行放水；
2.檢查空氣壓縮機的起動與基線扭動有沒有關系，否則維修空氣壓縮機；
3.檢查檢測器是否被污染，如果污染請進行清洗；
4.檢查檢測器的溫度是否正常，必要時檢測器進行老化。
三、降低色譜柱溫度后基線扭動減少，但降低進樣器溫度扭動幅度卻不變小，則基線扭動的原因與色譜柱或載氣有關：
1.檢查載氣是否污染或流量不正常；
2.檢查氣相色譜儀色譜柱安裝連接部分或進樣墊部分是否有漏氣現象；
3.檢討是否色譜柱老化不足，必要時對色譜柱進行老化。
四、降低進樣口溫度之后基線扭動減少，要考慮是否進樣口有污染現象：
1.如果確認進樣器污染，請進行清洗；
2.更換新的進樣墊；
3.檢查進樣器溫度是否波動。
